Een belangrijk ontwerpuitgangspunt was dat het gebouw voor iedereen toegankelijk zou worden. Daarom is er een lift opgenomen in het gebouw en zijn alle vloeren op de verdieping naar één niveau gebracht. Hiervoor is plaatselijk een niet-monumentale vloer verlaagd. Om dit te realiseren zijn de oude spantbenen op ambachtelijke wijze verlengd.

Het Kruithuis heeft niet alleen nieuw perspectief door de herbestemming gekregen, maar is ook op het gebied van duurzaamheid toekomstbestendig. Het gebouw is voorzien van een duurzame klimaatinstallatie en de gebouwschil is op gepaste wijze geïsoleerd. Onder de nieuwe geïsoleerde betonvloer bevindt zich de luchtbehandeling en elektra. Het gebouw heeft een A++ energielabel. Alle aanpassingen hiervoor zijn zorgvuldig en met respect voor het monument vormgegeven.

In het interieur is gewerkt met circulaire materialen. De bestaande leien van het dak zijn vervangen, de oude leien die hierdoor beschikbaar kwamen zijn hergebruikt in het interieur. Aan de hand van een aantal proefopstellingen is de wijze van bevestiging en het patroon vastgesteld voor de niet-alledaagse en innovatieve wandbekleding van de nieuwe entree van het gebouw. Daarnaast is het eikenhout van de vloer van de begane grond verwerkt in de ontvangstbalie. 

Er is kleuronderzoek verricht naar het oorspronkelijke kleurgebruik van het Kruithuis. In de oudste lagen van het schilderwerk op de entreedeur is een diepe rode kleur teruggevonden, die ook aansluit bij het literatuuronderzoek naar het kleurgebruik in die tijd. Dit heeft als uitgangspunt gediend voor het opstellen van het kleurenplan, dat voornamelijk bestaat uit robuust kleur- en materiaalgebruik dat goed past bij het stoere karakter van het gebouw.

Met dit restauratieplan komt er een nieuwe eigentijdse brug en wordt een deel van de gracht hersteld. Tijdens het ontwerp is onderzoek gedaan naar de wijze van restauratie van de gevel in combinatie met het herstellen van de gracht. Uiteindelijk is er voor het ontwerp gekozen waarbij het grachtprofiel een dusdanige diepte heeft dat de natuurstenen lijst weer goed tot zijn recht komt en ook de verhouding van de gevel, die nu veel hoger is, beter tot zijn recht komt. De restauratie van de gevel is zeer terughoudend uitgevoerd zodat het patina van de gevel behouden is gebleven en bijvoorbeeld de beschadigingen uit WOII zichtbaar zijn gebleven.

Met het Zuid Willemvaartsplan is het park rondom het Kruithuis onderdeel van het project geworden. Ook het voormalige Geweermakershuisje is gedurende het project toegevoegd aan het plan. Het huisje, inmiddels een gemeentelijk monument, is gerestaureerd en biedt onderdak aan de duurzame installaties zoals de warmtepomp. Het gerestaureerde gebouw is een aanwinst voor het complex.